完成图鉴收集是许多训练师的重要目标之一。游戏中的图鉴奖励主要分布在几个关键地点，通过剧情推进和特定NPC互动获取。这些奖励通常以道具、技能机器或特殊权限的形式发放，对后续游戏进程有实质性帮助。
完成初始图鉴收集后，第一个重要奖励来自大木博士研究所。当玩家捕获10种不同宝可梦时，可在尼比市附近的2号道路休息站找到博士助手，获得HM05闪光技能。这个技能在探索黑暗洞穴时必不可少，能显著降低迷宫探索难度。收集进度提升，在彩虹市的游戏厅可兑换特殊进化道具，如多边兽所需的升级数据。
游戏中期在图鉴收集达到30种时，紫苑镇的宝可梦塔顶层会出现特殊事件。解决幽灵事件后，玩家可获得观测镜道具，这个关键物品用于识别隐藏的幽灵系宝可梦。在枯叶市的圣安奴号游轮上，展示完整船票并完成船长任务后，能获得HM01居合斩，这是清除路障的重要技能。
完成第五岛屿的记忆任务后，在1号岛的宝可梦中心可激活跨版本通信功能。当图鉴收集超过150种时，七岛最北端的训练师塔会开放特殊挑战，获胜后获得提升宝可梦个体值的道具。部分幻之宝可梦如梦幻需要通过特殊事件触发，不纳入常规图鉴奖励体系。
最终在完成全国图鉴后，玉虹市的游戏公司开发室会颁发官方认证的奖状。这个隐藏奖励需要与3楼的设计师对话触发，作为收集完成的终极证明。整个收集过程中，各城市的友好商店会定期检查图鉴进度，并提供相应的进化石和辅助道具，这些分散的奖励共同构成了完整的图鉴收集回报体系。
