阵容替换是提升战斗力的核心策略之一。游戏初期默认开放3个阵容位置，玩家等级提升至12级和16级，将逐步解锁第4和第5个位置。替换阵容的关键在于点击阵容按钮后选择具体角色查看详细信息，而非直接点击顶部阵容列表。在角色信息界面左下角可找到替换阵容选项，进入后可从已拥有的忍者列表中选择新角色上阵。需主角角色通常无法被替换，这是阵容构建的基础限制条件。
替换阵容时需要充分考虑角色之间的羁绊关系。游戏中存在特定忍者组合能激活额外属性加成，例如新猪鹿蝶组合（山中井野、奈良鹿丸、秋道丁次）同时上阵可获得攻击力提升效果。羁绊系统是阵容搭配的重要考量因素，合理的羁绊激活能显著提升整体战力。角色定位也需平衡，前排推荐防御型忍者，中排适合控制型角色，后排则以输出和治疗为主，这种经典的前中后排布局能应对大多数战斗场景。
当推图进度受阻或竞技场表现不佳时，就需要考虑调整阵容配置。面对高防御敌人时可增加攻击型忍者比例，遭遇爆发型对手时则应强化防御和生存能力。游戏中的忍者分为攻击型、防御型和辅助型三大类，根据当前挑战内容灵活调整这三类忍者的配比是进阶玩家的必备技巧。每次替换后都需要通过实战检验效果，必要时进行二次调整。
高星级忍者通常属性更优，但低星忍者若激活关键羁绊也可能发挥超常效果。资源有限时应优先培养阵容核心角色，避免资源分散导致战力提升缓慢。装备系统也是阵容强化的组成部分，替换阵容后需相应调整装备配置，确保每个角色的装备与其定位相符。攻击型忍者侧重攻击属性装备，防御型则需强化生命和防御属性。
后期阵容构建需要考虑更多战术因素。除了基础属性外，技能连携和出手顺序都会影响战斗结果。部分忍者的技能存在协同效应，合理安排出手顺序可形成连续控制或爆发输出。游戏进程推进，玩家会获得更多高品质忍者，替换阵容不应仅看单一角色强度，而要评估整个团队的综合表现。定期优化阵容配置，保持战术多样性，是成为高阶玩家的必经之路。
