通关一周目后，你会发现自己回到了真新镇的家里。这时候大木博士会主动来找你，如果已经收集了60种以上的宝可梦图鉴，他会帮你把图鉴升级成全国图鉴。这是开启二周目的关键一步，所以如果还没凑够数量，记得先去野外多抓点宝可梦哦。
升级完图鉴后，别急着去挑战四天王，因为冰系天王科拿暂时不在联盟。这时候你需要前往枯叶市的码头，坐船前往一之岛。在一之岛的精灵中心会遇到一个NPC，他需要红宝石来修复机器。接下来你要去灯火山，在右边会遇到两个火箭队残党，打败他们后进入山洞深处找到红宝石。
拿到红宝石后回去交给NPC，他会告诉你还需要一块蓝宝石，并给你彩虹通行证，这样就能自由往返七岛之间了。接下来你要去四之岛，在那里会碰到劲敌小茂，不过这次他不会和你对战。在岛上探索时，记得去科拿家的右边冲浪进入冰洞，里面能拿到攀瀑术秘籍，这对后面的冒险很有帮助。
之后你要去五之岛的火箭队仓库，但需要密码才能进入。这时候转去六之岛，在标记森林深处的一个洞穴里找到蓝宝石，不过会被NPC抢走。带着得到的密码回到五之岛仓库，打败里面的火箭队干部就能拿回蓝宝石。最后回到一之岛交付蓝宝石，七岛的剧情就全部解锁了。
完成这些后，别忘了去探索七之岛的新区域，比如训练师塔和遗迹山谷。如果之前没抓齐三神鸟，现在也可以去补抓火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟。最终的挑战是华蓝洞窟里的超梦，准备好高级球和恢复药再去挑战它吧。二周目的内容比一周目丰富很多，慢慢探索才能体验到全部乐趣哦。
