二周目的核心挑战在于队伍构建与资源规划。初始精灵选择需兼顾属性平衡与后期成长潜力，推荐优先培养水系、火系或草系御三家，其进化形态在二周目道馆及冠军战中表现稳定。全国图鉴解锁后，应尽快通过通信交换获取芳缘地区外的强力精灵，如准神兽班基拉斯或暴飞龙。对战开拓区是获取高级技能机与特性胶囊的关键地点，需优先完成单打、双打等七轮挑战以积累BP点数。
从父亲处获得船票后，需前往水静市乘船触发亚希达事件，获取第二张船票以解锁新区域。梦幻等特殊精灵的捕捉存在通信限制，需提前查阅版本差异。神兽遭遇战建议存档后尝试，若等级压制可暂缓挑战，待队伍强度提升后返回。开拓区首领战需针对性调整队伍，例如银象征战中需携带恶系或妖精系技能应对超能系阵容。
技能搭配与特性开发直接影响战斗效率。主力精灵应配备本系高威力招式（如喷火龙的喷射火焰）及补盲技能（如地震破电系）。对战工厂模式中，优先选择速度种族值超过100的精灵（如噩梦神）抢占先手权。Z纯晶与Mega进化石需通过支线任务获取，例如在流星瀑布深处或以太乐园实验室。状态类技能（剧毒、电磁波）在持久战中收益显著，但需注意对手的替身战术。
后期资源管理集中于隐藏道具与NPC奖励。每日可重复挑战的训练家（如对战塔NPC）提供稳定经验值，适合快速提升替补精灵等级。隐藏洞穴中的进化石与特性药膏需利用探宝器反复搜索，尤其是觉醒岩与护具等关键道具。全图鉴收集可解锁闪光护符，建议优先完成区域图鉴以触发博士的升级事件。冠军卫冕战中，对手队伍会随进度调整属性组合，需预留2-3只备用精灵轮换。
岩石系道馆需避免使用飞行系主攻，改为水系或格斗系速推。究极异兽任务中，虚吾伊德与纸御剑需分别用钢系与火系克制。天气队（如沙暴班基拉斯+龙头地鼠）在双打模式中收益极高，但需防范对手的顺风控速。个体值与努力值可通过极限特训补正，优先将攻击或特攻努力值刷至252以最大化输出。
最终阶段的挑战集中于数值优化与细节调整。重复挑战四天王前，需确保队伍携带学习装置以均摊经验。树果种植系统产出的抗性果（如樱子果解麻痹）能显著提高生存率。存档机制需合理利用，尤其在随机掉落道具（如银色王冠）的获取过程中。二周目通关后，部分剧情NPC（如战斗塔的赤红）会提供更高难度的对战，建议携带满努力值队伍应对。
